Da documenti rinvenuti nell’archivio del monastero si apprende che, fino al 1252, la Badessa di San Vittore ebbe ad esercitare diritti di signoria. In un lascito del 1036 si menziona, per la prima volta, la chiesa di S. Maria, che è senza dubbio quella che più tardi diverrà la parrocchiale.
Il villaggio di Meda, nato come agglomerato di case alle dipendenze delle monache, venne fortificato e, dopo il mille, acquistò una notevole importanza divenendo sede di un famoso mercato, dove si vendevano animali di ogni sorta, tessuti e calzari. Tale mercato si svolgeva sul terreno compreso fra la chiesa di S. Maria e la torre del Comune.
Dalla fine dell’XI secolo, in coincidenza con il periodo delle lotte comunali, Meda cercò di affrancarsi dalla signoria della Badessa. I medesi ricorsero all’autorità “super partes” del Comune di Milano per ottenere la nomina di un podestà, che avvenne nel 1211. Nel frattempo, nel 1194, il monastero ebbe l’onore di ospitare l’Imperatore Enrico VI e la sposa Costanza d’Altavilla, (già incinta di Federico II), che provenivano dalla Germania. La nomina nel 1211 del primo podestà, Emanuele de Ermenulfis detto Manoello, non servì a fermare i conflitti tra il Comune e la Badessa, che si rifiutava di riconoscere gli Statuti emanati dal podestà.
La questione venne risolta dopo qualche anno con l’elezione nel 1245 di una nuova badessa, Maria da Besozzo, la quale scese a patti con il Comune di Meda e nel 1252 rinunciò alla maggior parte dei suoi diritti pubblici. Vennero tuttavia confermati i diritti del monastero sulla chiesa di S. Maria, ossia l’esclusiva spettanza sui diritti della stessa e sulla nomina del curato. Meda, frattanto, era entrata nell’orbita Milanese e ne avrebbe condiviso le vicende storiche: le dominazioni signorili prima (Visconti, Sforza) e straniere poi. Nel 1496 Meda ospitò l’incontro fra Massimiliano d’Asburgo ed il Duca di Milano Ludovico il Moro innanzi ai delegati dei maggiori Stati italiani e il Legato del Papa.
Ricordiamo anche la visita, nel 1581, di S. Carlo Borromeo e quella del 1626 del nipote Federico. Il XVIII secolo portò cambiamenti infausti: se il Monastero sfuggiva alle soppressioni operate da Giuseppe II d’Asburgo, non scampava a quelle napoleoniche. Il 29 maggio 1798, infatti, le monache venivano espulse, il Monastero soppresso e tutti i suoi beni messi all’asta. Li avrebbe acquistati Giovanni Giuseppe Maunier, facoltoso mercante marsigliese. Fu lui a commissionare all’insigne architetto viennese Leopold Pollack la trasformazione del complesso religioso in villa neoclassica: ne seguirono demolizioni e nuove costruzioni che sconvolsero completamente l’aspetto originario creando qualcosa di radicalmente nuovo.
Nel 1830 l’intero complesso fu acquistato dalla Famiglia Antona Traversi.
Successivamente, la comunità di Meda si sviluppò in piena autonomia, aderendo al Regno d’Italia e partecipando alle vicende del nuovo stato. Nel corso dell’Ottocento Meda assunse un’importanza notevole nel campo dell’artigianato del mobile e, anche oggi, la cittadina è un centro di produzione di mobili pregiati famoso in tutto il mondo.